לימודי האנטומולוגיה מתקיימים במסגרת לימודי הבוגר, המוסמך והדוקטור. תוכניות המוסמך והדוקטור במחלקה כוללות עבודות מחקר אנטומולוגיות. לימודי הבוגר והמוסמך מתקיימים במסגרת החוג להגנת הצומח. החוג הוא רב תחומי ומציע לימודים ומחקר במגוון נושאים הקשורים לסביבת האדם ופועלו, תוך הדגשת הסביבה החקלאית ואורגניזמים המזיקים או מועילים בסביבה זו.

החוג מאחד מורים העוסקים ומלמדים תחומי מחקר שונים, החל בגנטיקה, ביוטכנולוגיה וביולוגיה התפתחותית, דרך פיסיולוגיה והתנהגות של חרקים וכלה במיקרוביולוגיה ומיקולוגיה. המחקר היישומי כולל מיקרוביולוגיה סביבתית ואפידמיולוגיה של נגעים בבתי גידול חקלאים; הנדסה גנטית; אקו-טוקסיקולוגיה וממשק עמידות לחומרי הדברה; הדברה ביולוגית; והדברה משולבת של מזיקים ומחלות צמחים באמצעים הידידותיים לסביבה. מורי החוג עובדים בארבע רמות מיקוד שונות –המולקולארית, התאית, האורגניזם השלם וחקר אוכלוסיות. גישה רחבת אופקים זו מתבטאת בתכנית הלמודים של החוג.

מטרת הלימודים לתואר בוגר בחוג היא להכשיר התלמידים במגוון רחב של מדעים בסיסיים וישומיים. תלמידי הבוגר יכולים לשלב את לימודי החוג עם תוכנית הלימודים "שמירת טבע וניהול שטחים פתוחים" או עם חטיבות הלימודים "החקלאות ואיכות הסביבה", "חקלאות, כלכלה ושיווק", או "מימון". לבוגרי החוג תהא הכשרת יסוד מתאימה לתעסוקה במקצועות הקשורים להגנת הצומח, ביוטכנולוגיה, הדרכה חקלאית, שמירת טבע, ואיכות הסביבה. בנוסף לכך בוגרי החוג יקנו בסיס איתן במדעים בסיסיים וישומיים, כהמשך ללימודים לתארים מתקדמים.

בתחומי המחקר וההוראה האנטומולוגיים מודגשים (i) ההיבטים האקולוגיים, הפיסיולוגיים והתנהגותיים של חרקים מזיקים ומועילים; (ii) אפיקולטורה; (iii) אקו-טוקסיקולוגיה; (iv) הדברה ביולוגית של מזיקים; ו- (v) הדברה משולבת ידידותית לסביבה של מזיקים. בלימודי המוסמך מושם דגש על העמקת ההתמחות במקצועות האנטומולוגיה ובפיתוח גישות חדישות להגנת הצומח והסביבה. שיטות אלו מבוססות על התפתחויות בביוטכנולוגיה, אקולוגיה ומדעי איכות הסביבה.